Alfama possui um conjunto de nascentes, cujas águas quentes foram classificadas no século XIX como «minero-medicinais». Como refere o estudo «As águas de Alfama», de Elsa Cristina Ramalho e Maria Carla Lourenço, grande parte destas águas tinha temperaturas acima dos 20º C. As últimas fontes foram seladas e abandonadas há mais de 25 anos.

A sua existência já era conhecida pelos árabes. A própria palavra «Alfama» pode ter surgido daqui: muitos especialistas aceitam que a sua origem seja a corrupção do termo árabe «alhama», que significa «fonte quente».

Ao longo dos séculos muitas são as referências às águas de Alfama. Em 1610, Duarte Nunes de Leão, na sua Descrição do Reino de Portugal, dizia que as nascentes «serviam às mulheres de serviço para ensaboarem a roupa, por escusarem esquentar a água, a qual, se se bebesse, parecia que faria algum bom efeito». Frei Cláudio da Conceição afirmava, em 1820, que as águas possuíam virtudes terapêuticas, comparando-as com as das Caldas da Rainha. Em 1716 são abertos os «Banhos do Duque», em referência ao seu dono, o duque do Cadaval. Em 1810, existiam três estabelecimentos: «Banhos do Duque», «Banhos de D. Clara» e «Banhos do Doutor».

Durante três séculos, o espaço hoje conhecido como Fonte das Ratas, no Largo das Alcaçarias (freguesia de S. Miguel), foi utilizado como lavadouro público. Em 1880, a Companhia das Águas de Lisboa fechou o tanque e transformou-o em depósito. Mais tarde, o local foi posto a descoberto devido à demolição de um muro. «A popularidade desta nascente, que, de acordo com a crença popular “tinha múltiplas virtudes terapêuticas” e cuja reputação curativa da água se espalhou rapidamente, atingiu o auge no início da década de 1960, quando milhares de pessoas se acotovelavam e esperavam horas para encher os seus garrafões de água», explicam Elsa Ramalho e Carla Lourenço. A fonte foi encerrada em 1963 pela Inspecção de Águas.